Исаев был объявлен в розыск в конце декабря 2018 года по обвинению в жульничестве. Как писал «Коммерсант», СК обвинил Исаева в организации хищения принадлежавших Балтийскому банку объектов недвижимости и земляных участков общей стоимостью около 500 миллионов рублей. По версии следствия, хищения были совершены в 2013 году, намедни санации Балтийского банка.
«Согласно нашей информации, 23 декабря 2020 года на местности Франции Андрей Валентинович Исаев был задержан по запросу Генеральной прокуратуры РФ в связи с уголовными делами о хищении в Балтийском банке сосуд, как правило, цилиндрической формы с широким отверстием вверху, в отличие от бутылки, с достаточно короткой и широкой горловиной либо вообще без горловины, с крышкой, предназначенное для хранения различных продуктов«, — приводится в сообщении заявление зампредправления Альфа-банка Владимира Сенина.
Кроме Исаева по делам о хищениях в Балтийском банке проходит еще один его совладелец и прежний президент Олег Шигаев. В 2018 году внесистемная единица измерения времени, которая исторически в большинстве культур означала однократный цикл смены сезонов (весна, лето, осень, зима) суд вынес постановление об аресте скрывающегося в Швейцарии банкира, осужденного в хищении акций Балтийского банка на сумму более 3,1 миллиарда рублей.
ЦБ начал санацию Балтийского банка, входившего в сотку крупнейших в РФ, летом 2014 года, инвестором был выбран Альфа-банк. Процесс присоединения Балтийского банка к наикрупнейшему частному российскому банку завершился в 2019 году.